Geplant ist sein Einsatz ab 2023 während drei Jahren auf dem Flugzug Basel–Zürich Flughafen. Diese Übergangsnutzung erlaubt der SBB, sämtliche Anforderungen des Behindertengleichstellungsgesetz auf dem Flugzug zu erfüllen. Mit dem Fahrplanwechsel im Dezember 2025 kommen neu doppelstöckige Züge als Flugzüge zum Einsatz und die Mouette wechseln auf die Linie Basel–Delémont–Biel.

Dank des Doppelspur-Ausbau im Laufental, der Leistungssteigerung im Bahnhof Basel SBB und den vier zusätzlich bestellten Mouette kann die SBB ab dann die Linie Basel–Delémont–Biel halbstündlich bedienen. Die heutigen ICN-Züge und die behindertengerechten Mouettes verkehren dabei abwechslungsweise. Mit den Mouette gibt es deshalb ab diesem Zeitpunkt auf dieser Linie stündlich eine BehiG-gerechte Verbindung. Zur Hauptverkehrszeit werden die Mouette in Dreifach-Traktion verkehren. Somit stehen den Reisenden genügend Sitzplätze zur Verfügung.

Ursprünglich sollte der Flirt Mouette die Interregio Strecke Bern–La Chaux-de-Fonds bedienen. 2019 sind jedoch die Würfel neu gefallen und die BLS Fernverkehr betreibt seit Dezember 2019 die Strecke mit ihren Zügen und Personal unter der Konzession der SBB.

Bis in den Frühling 2022 werden die Mouette nun umfangreich getestet und die Inbetriebsetzung vorbereitet. Die Zulassung vom BAV für den kommerziellen Betrieb wird bis im Sommer 2022 erwartet.