Le tunnel des Epoisats, achevé en 1886, fait l'objet de travaux d'assainissement depuis le 12 avril 2025. Ces travaux, qui s'étendent sur huit mois, nécessitent une interruption totale du trafic ferroviaire entre Le Day et Le Brassus. Ils visent à agrandir et mettre aux normes le gabarit du tunnel, remplacer 800 mètres de voies, 1350 traverses, 1200 m³ de ballast, et renouveler 800 mètres de ligne de contact rigide. De plus, 3,5 km de câbles sont déposés puis remis en place, et les portails du tunnel seront rénovés. Divers autres travaux CFF, tels que de l’entretien de la forêt, des talus, de la voie et de la ligne de contact, la pose de filets de protection, la réfection de murs de soutènement et la pose de caniveaux à câbles sur 6 kilomètres, seront également réalisés sur la ligne.
Actuellement, les travaux avancent depuis deux fronts d’attaque. La méthode de creuse utilisée, dite avec "voûtes parapluies", est adaptée à la spécificité géologique complexe du site. L'assainissement consiste à excaver avec des engins de chantier quatre sections du tunnel d’environ 90 mètres chacune, à les consolider mètre après mètre avec des cintres métalliques et si nécessaire du béton projeté fibré, à étancher ses nouveaux profils, puis finalement à mettre en place un nouveau revêtement ainsi que le moellonnage des portails et murs d’entrée. Dernière étape, le rééquipement de l’ouvrage en technique ferroviaire.
La Vallée de Joux est une région importante pour les CFF. L'interruption du trafic est nécessaire en raison du tunnel à simple voie, rendant impossible la circulation des trains durant certaines phases du chantier. De plus, la ligne électrique sous la voûte du tunnel, alimentant le tronçon depuis Le Day, a dû être déclenchée.
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