Les travaux de modernisation de la gare de Moutier ont démarré en mars 2024. Le projet a consisté à améliorer le confort des quelque 3’800 voyageurs quotidiens de la gare. Parmi les principales améliorations, on compte la mise à niveau des quais à la hauteur standard de 55 centimètres, ce qui permet désormais d’accéder aux trains de plain-pied, la construction de quatre nouvelles rampes pour faciliter l'accès aux quais, le renforcement des marquises ainsi que le prolongement de l'une d'entre elles. Un nouvel abri à vélos de 42 places a été construit au sud des voies.

Des travaux de génie civil ont également été entrepris pour moderniser l’ensemble des installations ferroviaires de la gare. Le tablier du pont ferroviaire au-dessus de la Rue de l’Est a été remplacé, ainsi que les lignes de contact dans le secteur de la gare. Le budget total des travaux s’est élevé à environ 37 millions de francs. La gare modernisée est désormais à la disposition de la clientèle ; les derniers travaux ferroviaires auront lieu jusqu’au printemps 2026.

A la Rue de l’Est, les travaux d’abaissement de la route permettant d’augmenter le gabarit routier, ainsi que la reconstruction de plusieurs réseaux de canalisations communales vont se poursuivre également jusqu’au printemps 2026. La route transitant sous le pont ferroviaire restera fermée aux véhicules jusqu’au 22 mai 2026. Un passage sécurisé pour les piétons sera garanti en tout temps.

A partir du changement d’horaire 2026, le 14 décembre 2025, la gare prévôtoise sera desservie deux fois par heure et par sens par des trains grandes lignes: une fois par le train direct Lausanne–Delémont–Bâle IC51 et une fois par le train IR56 Bienne–Delémont–Bâle. Le trafic régional circulera comme auparavant.