Nella primavera del 2012 le FFS avevano accertato che la fatturazione di un fornitore della loro Divisione Infrastruttura presentava delle irregolarità. Dopo i chiarimenti interni del caso avviati immediatamente, le FFS hanno sporto denuncia. Il Ministero pubblico della Confederazione ha in corso un procedimento penale. Nell'estate del 2012 le FFS hanno licenziato senza preavviso tre collaboratori. I chiarimenti verso un quarto collaboratore coinvolto sono ancora in atto.
Agli interessati viene imputato di aver compiuto dei delitti patrimoniali e di essersi arricchiti personalmente in modo indebito. Insieme ad altre persone all'esterno delle FFS avrebbero così ottenuto a più riprese in modo fraudolento importi di denaro con fatture basate su rapporti di lavoro falsi. L'ammontare della perdita e la dinamica precisa della frode sono oggetto delle indagini tuttora in corso del Ministero pubblico della Confederazione. Allo stato attuale dell'inchiesta le FFS presuppongono di essere state defraudate di un importo superiore al milione di franchi. Esse esigono il rimborso totale della perdita subita. Altri dettagli sul caso sono ancora oggetto del procedimento in corso. D'intesa col Ministero pubblico della Confederazione le FFS potranno prendere posizione in merito in maniera più esaustiva solo dopo la conclusione delle indagini.
Le FFS non tollerano alcuna violazione dei disposti del proprio codice di condotta valido per l'insieme dell'azienda. L'azienda analizza attentamente gli indizi, agisce immediatamente e trae i necessari insegnamenti. Nonostante l'effettuazione sistematica di controlli interni casi del genere non possono però mai essere esclusi completamente.
Le FFS stanno attualmente introducendo un nuovo sistema elettronico per l'approvazione delle ordinazioni e delle fatture. Grazie ad esso le transazioni saranno controllate con maggior rigore e aumenterà la protezione contro gli abusi. Il sistema viene introdotto progressivamente in tutti i settori delle FFS.
Il codice di condotta delle FFS, aggiornato al 1° gennaio 2011, fissa le regole di comportamento che costituiscono la base per l'azione di tutte le collaboratrici e i collaboratori nell'attività di ogni giorno. Esso contiene in particolare anche regole chiare e vincolanti in rapporto con gli argomenti corruzione, accettazione di regali e di vantaggi, conflitti di interesse e aggiudicazione di mandati. Il codice di condotta vale per tutti i settori delle FFS ed è vincolante per tutte le collaboratrici e i collaboratori delle FFS.
Il testo completo del codice di condotta è pubblicato anche in Internet .