Ab Montag, 23. September 2013, erfolgt während sechs Wochen Gleisbauarbeiten zwischen Dachsen und Neuhausen. Die Strecke wird hierzu an fünf Abenden pro Woche zwischen 22 Uhr und Betriebsschluss für den Bahnverkehr gesperrt. Während dieser Zeit wird das Streckengleis umgebaut. Die Bauarbeiten konnten aus logistischen Gründen nicht zeitgleich mit der Tunnelsanierung unter dem Schloss Laufen ausgeführt werden.
Die Züge der S33 (Winterthur ─ Schaffhausen) fallen von 22.00 Uhr bis Betriebsschluss zwischen Dachsen und Schaffhausen aus. Es verkehren Bahnersatzbusse zwischen Dachsen und Schaffhausen (ohne Halt in Neuhausen) und zurück. Reisende nach Neuhausen benützen die Bahnersatzbusse nach Schaffhausen und steigen dort auf die städtischen Busse Linie 1 oder 6 oder auf die S22 nach Neuhausen um. Für Reisende von Neuhausen Richtung Winterthur verkehrt ein Kleinbus von Neuhausen nach Dachsen mit leicht abweichenden Abfahrtszeiten. Aufgrund der Bauarbeiten kann sich die Reisezeit um bis zu 5 Minuten verlängern. An den Wochenenden besteht keine Streckensperrung. Die S33 sowie die Nacht-S-Bahnen verkehren in den Nächten von Freitag auf Samstag sowie von Samstag auf Sonntag gemäss Fahrplan. Weitere Informationen sind unter www.thurbo.ch/bauarbeiten finden.
Zusätzlich informiert die SBB mit Plakaten an den Bahnhöfen entlang der Strecke und mit Durchsagen in den Zügen. Der Online-Fahrplan auf www.sbb.ch ist angepasst. Die SBB setzt alles daran, die Einschränkungen auf ein absolutes Minimum zu reduzieren.
Die SBB unterhält das meistbefahrene Bahnnetz der Welt. Im vergangenen Jahr verkehrten pro Hauptgleis und Tag durchschnittlich 97 Züge. Was so intensiv genutzt wird, muss auch gepflegt werden. 2013 investiert die SBB über eine Milliarde Franken in die Erneuerung des bestehenden Schienennetzes. Dazu kommen jährlich Unterhaltsarbeiten im Umfang von mehr als 500 Millionen Franken.