Hergang und Ursache des tragischen Unfalls werden von der Kantonspolizei Zürich sowie der Schweizerischen Sicherheitsuntersuchungsstelle untersucht. Im Bahnhof Winterthur finden umfangreiche Bauarbeiten für die Erweiterung des Bahnangebotes zwischen Zürich und Winterthur statt. Damit verbunden sind regelmässige nächtliche Bauarbeiten.
Nach dem Unfall kurz nach 4.30 Uhr waren die Bahnstrecken von Winterthur Richtung Zürich sowie Richtung Bülach unterbrochen. Um 6.35 Uhr konnte der Bahnverkehr mit Einschränkungen aufgenommen werden. Die meisten Fernverkehrszüge und die wichtigsten S-Bahnlinien verkehrten normal. Noch bis um 19 Uhr fällt der Intercity Genf–St. Gallen zwischen Zürich und Winterthur aus. Zudem verkehrt die S8 nur stündlich bis Winterthur.
Nach der Freigabe der Unfallstelle wurde der Güterzug weggestellt. Bei der Kollision des Güterzugs mit dem Baufahrzeug wurden eine Weiche sowie Signalanlagen beschädigt. Neben den Reparaturarbeiten musste die Fahrbahn mit einem Saugbagger gereinigt werden, nachdem Diesel und Hydrauliköl aus dem Baufahrzeug ausgelaufen war. Voraussichtlich um 19 Uhr können alle Gleise freigegeben werden.