Les travaux sont toujours prévus dès 2026, avec une mise en service du premier quai en 2030. La fin des travaux est prévue en 2037, avec une mise en service du dernier quai en décembre 2036.
Le planning du reste du projet, dont fait partie le sous-sol de la place de la gare, est adapté en fonction de l'avancée du projet et est en cours de planification. Les CFF communiqueront une date de début des travaux du sous-sol de la place à l’issue de la phase d’étude actuelle. Les travaux de la nouvelle émergence de Ruchonnet (accès au sous-sol de la place) ont, eux, débuté en octobre 2024.
Par ailleurs, plusieurs lots du chantier sont d’ores et déjà achevés. Certains ont été anticipés, comme les travaux de technique ferroviaire par exemple. Un quart du budget du projet (463 millions de francs sur un total de 1,7 milliards) a ainsi déjà été investi.