Aus noch unbekannten Gründen kam es am Sonntag, 9. März 2014 zu einer Streifung eines vorbeifahrenden IR-Zuges mit einer Ecke eines Elektroschranks. Beim Anprall der Ecke des Elektrokastens mit dem vorbeifahrenden IR-Zug wurden an vier Wagen Fensterschreiben beschädigt. Wie es zu einem Umkippen und damit zur Verletzung des Sicherheitsabstands zum Zug kommen konnte, ist Gegenstand laufender Untersuchungen. Die SBB widerspricht Vorwürfen, die SBB habe diesen Vorfall „vertuschen“ und die Öffentlichkeit nicht aktiv informieren wollen.
Aufgrund einer ersten Einschätzung alarmierte die SBB am Sonntag um 16.40 Uhr die Kantonspolizei Bern, weil zu diesem Zeitpunkt von Vandalismus durch Dritte aus einem Gegenzug auszugehen war. Die Einsatzkräfte wurden in dieser Annahme bekräftigt, weil bei der Kontrolle vor Ort beim Tunnelportal ein Sitzpolster gefunden wurde. Erst nachdem dies zweifelsfrei ausgeschlossen werden konnte, wurde in einer zweiten Phase auch eine detaillierte Gleiskontrolle innerhalb des Grauholztunnels vorgenommen. Dabei wurden Unterhaltsmaterialien einer Baustelle entdeckt, welche sich im Gleisbereich befunden hatten. In dieser Phase wurde in der Folge umgehend die unabhängige Unfalluntersuchungsstelle des Bundes SUST alarmiert. Dies erfolgte rund zwei Stunden nach dem ursprünglichen Ereignis.
Im Bereich einer Tunnelnische und damit der vermuteten Unfallstelle wurden am Sonntagabend Glassplitter gefunden. Ab diesem Zeitpunkt richtete sich das Augenmerk der Einsatzkräfte auf die in den Nischen abgestellten Elektroteile. Derzeit wird noch geklärt, ob einzelne Metallteile an der Unfallstelle verschoben wurden. Wie bei solchen Schadenereignissen üblich, erfolgen minuziöse Abklärungen. Sowohl die Kapo Bern wie auch die SUST wurden in die Unfalluntersuchung eingebunden.
Bereits am Sonntag hat die SBB über eine Beschädigung eines Interregio-Zuges durch einen unbekannten Gegenstand informiert.
Im Grauholztunnel zwischen Mattstetten und Bern Löchligut wird seit 2012 bis im Jahr 2016 die Stromversorgung erneuert. Im Rahmen dieser Arbeiten wurden Anfang März Elektroschaltschränke ausgewechselt. Die ausgebauten und rund 120kg schweren Schränke wurden in den Tunnelnischen abgestellt, damit sie Ende März aus dem Tunnel entfernt und entsorgt werden können.