Das Bahnangebot zwischen Winterthur und St. Gallen wird ab Fahrplanwechsel 2015 verändert. Dank der Eröffnung der Durchmesserlinie Zürich kann die SBB eine zusätzliche beschleunigte Fernverkehrsverbindung nach St. Gallen („St. Galler Sprinter“) und einen exakten Halbstundentakt nach Wil und Gossau anbieten. Dies löste eine Neuplanung der S-Bahnen zwischen Wil und St. Gallen aus und erschwerte die Einplanung der heutigen Zusatzzüge während der Hauptverkehrszeiten. Die detaillierte Prüfung der SBB und der Thurbo AG als Betreiber der S-Bahn S1 hat nun ergeben, dass die bestehenden S1-Entlastungszüge zwischen Wil und St. Gallen zur Hauptverkehrszeit weiterhin angeboten werden können. Die Detailplanung erfolgte in enger Abstimmung mit dem Amt für öffentlichen Verkehr des Kantons St. Gallen, welches das Bahnangebot im Regionalverkehr bestellt und finanziert.
Die Abfahrtszeit der S1 ab Wil wird von der Minute .47 auf .32 verlegt. Damit verkehrt die S1 ab 2016 im Halbstundentakt mit dem Regio-Express Wil-Chur und erhält in Wil bessere Anschlüsse aus Weinfelden (S10) und Wattwil (S9). Auch in St. Gallen erreicht die S1 neu zusätzliche S-Bahn-Anschlüsse. Neu bestehen somit für Uzwil und Flawil halbstündlich statt nur stündlich Anschlüsse in einen weiten Teil der Ostschweiz sowie neue Direktverbindungen.
Bereits auf den Fahrplanwechsel Ende 2013 wurde mit der S-Bahn St. Gallen ein System von halbstündlich vernetzten regionalen Knotenbahnhöfen eingeführt, wie das die übrige Schweiz schon seit Ende 2004 (1. Etappe Bahn 2000) kennt. Ende 2015 endet nun auch im Fürstenland das im Mai 2000 eingeführte System mit einem sogenannten «Hinketakt» Zürich–St. Gallen.