Die Bahnhöfe Döttigen, Koblenz und Bad Zurzach sind mit Stellwerken ausgerüstet, die bisher vor Ort gesteuert wurden. Diese werden nun automatisiert und ab Ende 2013 von der Betriebszentrale Ost aus bedient und gesteuert. Zudem erneuert die SBB Gleise und Fahrleitungen. Während der Bauzeit verkehren von 29. Juni bis voraussichtlich 3. November 2013 Ersatzbusse für die Züge der Linien S27, S41 und der Hauptverkehrs-S-Bahnen zwischen Rekingen, Koblenz und Döttingen. Zwischen Koblenz und Waldshut verkehrt ein Shuttle-Zug im 20 Minuten-Takt.
Die Erneuerung der Perronanlagen in den drei Bahnhöfen läuft seit September 2012 und schreitet zügig voran. Diese Arbeiten können voraussichtlich Ende dieses Jahres abgeschlossen werden. Die Perrons werden schienenfrei und behindertengerecht zugänglich sein. Die Gesamtkosten der Modernisierungsarbeiten belaufen sich auf rund 56 Millionen Franken.
Velos können in den Bussen nicht transportiert werden. Die Busse verkehren in Bad Zurzach ab Busterminal „Schloss“ anstelle des Bahnhofs. Der Fussweg ist ausgeschildert. Die genauen Fahrzeiten für den Fern- sowie den Regionalverkehr sind an den Bahnhöfen entlang der Strecke ausgehängt und über das Internet auf www.sbb.ch abrufbar. Zudem informiert die SBB via Lautsprecher in den Zügen. Detaillierte Auskünfte erhalten Kundinnen und Kunden an den Bahnschaltern, unter www.sbb.ch/zurzach sowie 24 Stunden am Tag über das SBB Contact Center 0848 44 66 88 (0.08 CHF/Min. ab Schweizer Festnetz). Aufgrund den Bauarbeiten sowie dem zusätzlichen Busverkehr kann es zu Mehrverkehr rund um die Bahnhöfe kommen. Die SBB setzt alles daran, die Einschränkungen auf ein absolutes Minimum zu reduzieren und dankt den Kundinnen und Kunden für ihr Verständnis.