Um 6.43 Uhr stiessen in Rafz zwei Züge bei einer so genannten Flankenfahrt seitlich zusammen. Der Interregio-Zug 2858 von Zürich nach Schaffhausen und der S-Bahn-Zug 18014 von Rafz nach Schaffhausen prallten auf der Ausfahrweiche Richtung Schaffhausen seitlich aufeinander. Fünf Wagen des Interregio-Zuges entgleisten, zwei Wagen befanden sich in Schräglage.
Beim Unfall wurden sechs Personen aus dem Interregio-Zug verletzt – eine schwer, eine mittelschwer und deren vier leicht. Alle Verletzten wurden hospitalisiert. Beide in den Zusammenstoss involvierten Züge wurden durch je einen Ausbildungslokführer und einen Lokführer-Aspiranten geführt.
Warum es zu dieser Flankenfahrt kam, ist Gegenstand der laufenden Untersuchungen. Noch heute am späteren Nachmittag sollen die Bergung der beschädigten Fahrzeuge und die Instandstellungsarbeiten an den Anlagen beginnen. Rund 60 Meter Fahrbahn müssen erneuert und ein zerstörtes Mast-Fundament ersetzt werden. Bei der sich an der Unfallstelle befindenden Brücke wurden keine Schäden festgestellt. Voraussichtlich per Betriebsbeginn am Samstagmorgen sollten die Gleise 1–3 in Rafz für die Abwicklung des Zugverkehrs wieder zur Verfügung stehen.
Für Angehörige stand unter der Nummer 0800 722 233 bis um 14.00 Uhr eine Care-Hotline zur Verfügung. In Zürich, Hüntwangen-Wil, Rafz, Jestetten und Schaffhausen bleiben bis auf weiteres Kundenbetreuer im Einsatz.
Im Bahnverkehr zwischen Zürich und Schaffhausen muss bis Mitternacht mit längeren Reisezeiten und Zugsausfällen gerechnet werden. Der Regionalverkehr zwischen Hüntwangen-Wil und Jestetten wird mit Bussen sichergestellt. Die Reisenden von Zürich nach Schaffhausen werden über Winterthur gelenkt; ab Winterthur verkehren doppelstöckige S-Bahn-Züge nach Schaffhausen. Die Interregio-Züge zwischen Schaffhausen und Zürich fallen bis auf weiteres aus. Die Verstärkungszüge zur abendlichen Hauptverkehrszeit zwischen Zürich und Schaffhausen werden geführt. Internationale Züge verkehren über Winterthur–Andelfingen.
Für die allenfalls knappen Platzverhältnisse und Verspätungen auf der Relation Zürich–Schaffhausen bittet die SBB die Reisenden um Verständnis. Die SBB bedauert das tragische Ereignis in Rafz sehr.